Pues bien, después de la Reconquista de Alcántara, a principios del S. XIII, la Orden del Pereiro trasladó su convento matriz, situado en la localidad del mismo nombre en la ribera del rio Coa, a la villa del puente romano pasando a llamarse esta Orden del Pereiro y Alcántara y finalmente sólo de Alcántara. Situó su sede, como es bien conocido, en el Sacro Convento de San Benito sito en esta localidad Cacereña y en él, el Archivo de la Orden en el que quedaron custodiados no sólo documentos, también dinero y otros bienes pertenecientes a esta.
Por frey Alonso de Torres y Tapia, prior de la Orden de Alcántara hasta su muerte en 1638 y cronista de esta, se sabe que el lugar donde se ubicó el Archivo de papeles fue el claustro bajo entre la portería y la iglesia del Conventual. Durante la guerra de Sucesión fue alcanzado este por una bomba justamente en el flanco sur del claustro donde estaba el Archivo y se perdieron algunos documentos.
Se realizaron varios inventarios durante el tiempo que permaneció el Archivo en el Sacro Convento, uno de los más importantes fue el que realizó Alonso Antonio Mateos, experto en letras antiguas, en 1749 que inventarió, resumió y rotuló todos los documentos quedando el Archivo organizado en doce papeleras y dos estantes que fueron reubicados en la sala prioral alta. El libro índice de este se encuentra conservado en el A.H.N.
El Archivo se mantuvo sin alteraciones hasta la guerra de la Independencia, durante la que el ejército francés al mando del general Junot en su paso para ocupar Portugal en 1807, entró en Alcántara y de este hecho nace la tan rememorada anécdota "del recetario" que sustrajeron los franceses con las recetas tradicionales de la cocina alcantarina y que el famoso cocinero Auguste Escoffier popularizó años después haciéndolas suyas. También se popularizó la creencia de que fue este ejército el que expolió el Archivo custodiado en el Convento, pero sostienen los autores anteriormente citados que, si esto hubiera ocurrido realmente el prior y los demás freiles no hubieran permitido que documentación importante como bulas, privilegios, escrituras, rentas de yerbas etc. hubieran caído en manos francesas porque toda ella daba fe de sus propiedades y derechos. Por otro lado, tampoco existe ningún escrito del prior narrando semejante desastre que, de haber ocurrido, hubiera sido elevado por este al Consejo de Ordenes.
Sostienen estos autores que es posible que hubiera una entrega pactada e irrelevante de documentación por parte del prior a los franceses, que posteriormente exageraron para mitificar su potencial como ejército.
La verdadera destrucción del Archivo empieza cuando el gobierno liberal de Riego decretó en 1820, dentro del Trienio Liberal, la supresión de todos los conventos incluidos los de las Órdenes Militares. Durante este Trienio se produjeron robos de los bienes y reliquias de las iglesias, destrucciones de retablos y sustracción de libros y documentos. El edificio del Conventual paso por ello, pero no pudo ser vendido por su alto valor y fue destinado a Contaduría de Rentas, cárcel, juzgados, almacén militar e incluso en algún momento a salón de baile para representaciones teatrales.
Retomado el poder absoluto por Fernando VII en 1823, se restablece el Real Consejo de Órdenes Militares y con ello sus conventos y monasterios. Sin embargo, el golpe certero llegaría con los decretos del 25 de julio y 11 de diciembre de 1835 cuando los desamortizadores volvieron a suprimir los monasterios y conventos y destinaron sus bienes a saldar la deuda pública y al mantenimiento de las tropas Isabelinas durante las guerras Carlistas. En 1838 se devolvieron a los conventos matrices los documentos que no tuvieron interés para la administración pública.
Vuelve por tanto el Archivo a Alcántara, pero cinco años después, el gobernador eclesiástico D. Francisco Sánchez Arjona manifiesta al Tribunal de Órdenes su preocupación por el abandono del Convento y el estado de deterioro de su Archivo, este Tribunal atendiendo la petición de Sánchez Arjona, aprueba su traslado a Madrid y así en 1836 empieza a remitir documentación al A.H.N. y otros archivos como el de Pruebas y Pleitos de Toledo, donde fue nuevamente ordenada y clasificada en un largo proceso que, todavía continua a día de hoy.
Por todo lo expuesto podemos concluir que la destrucción del Archivo de la Orden de Alcántara no se produjo tanto por el ejército francés durante la Guerra de la Independencia y sí más por los decretos desamortizadores del pasado S. XIX que descompusieron sus fondos documentales propiciando el extravío de muchos y la apropiación de otros por manos particulares.
