También contribuyó poderosamente a esto, la desaparición de los archivos de la Orden custodiados en su sede central sita en el Conventual de San Benito en la villa de Alcántara (Cáceres) durante la Guerra de la Independencia.
El proceso para la toma de hábito de caballero se iniciaba cuando el Rey, una vez recibida la información sobre la veracidad del memorial del solicitante, decidía si este era merecedor de dicha "merced de hábito". Aceptada la solicitud, se enviaba al Consejo de la Orden un Real Decreto que pondría en marcha el procedimiento administrativo para la obtención del mismo.
Este procedimiento se dividía en dos fases:
La primera que se iniciaba con la apertura de tres expedientes a nombre del pretendiente; el del Secretario, el del Escribano de Cámara y el de Pruebas.
La segunda que abarcaba desde la finalización del expediente de Pruebas hasta que se producía la profesión del caballero, después de un año como caballero novicio.
Además de todo lo dicho, el aspirante al hábito tendría la obligación de asumir unos deberes espirituales y temporales.
Según nos indica el autor A. Álvarez de Araujo y Cuellar en su libro “Ceremonial de las Órdenes Militares de Calatrava, Alcántara y Montesa” (Madrid 1893) para tomar el hábito de la Orden militar de Alcántara, el pretendiente deberá tener al menos diez años de edad, no en todas las órdenes militares esta edad será la misma, y haber superado las pruebas de legitimidad, limpieza y nobleza de sangre, según Bula del Papa Gregorio XV..
El hábito deberá recibirse en el Conventual de San Benito, sin embargo esto podrá producirse en otro sitio a elección del pretendiente si se cuenta para ello con licencia del Rey.
Antes de recibirlo el aspirante ha de confesar con un sacerdote, preferentemente de la Orden, y comulgar después de haberlo recibido.
En cualquier caso, si se recibiere este con protestación, cuestionamiento del derecho a recibir el hábito de Caballero por falta de cualidades o los requisitos necesarios para ello, y en algún momento quedare probado que el receptor no goza de las cualidades de nobleza y limpieza de sangre que alega, podrá verse despojado de él y expulsado de la Orden.
Recibido el hábito, y dentro del año de su aprobación, deberá permanecer el caballero novicio un mes en el convento para aprender y practicar la Regla de San Benito, Regla Benedictina que Benito de Nursia elaboró a principios del S. VI, destinada a los monjes cuyo principal mandato era “ora el labora”. De igual manera deberá aprender y celebrar las ceremonias de la Orden.
Todos los miembros de la Orden de Alcántara, monjes y caballeros, quedarán obligados a vivir con arreglo a dicha Regla manteniendo los votos contraídos, observando los ayunos y silencios y rezando "las Horas" reunidos en el Coro.
Deberán asistir también los caballeros novicio a los Oficios Divinos y no podrán poseer cabalgadura, ni perros, ni aves, tampoco más de un criado.
La profesión, o confirmación del hábito, no podrá hacerse ante de los diez y siete años de acuerdo con el Concilio de Trento, Concilio ecuménico de la Iglesia católica desarrollado en periodos discontinuos durante veinticinco sesiones entre los años 1545 y 1563, y por supuesto ha de haberse cumplido el año de aprobación o noviciado previamente.
El que no profesare después de ese año tendrá una pena de cien ducados y otros cien por cada año que pasare sin profesar.
